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Die Universitätsstadt beherbergt allein 17 Hochschulen – die größte und bekannteste davon ist die 1919 gegründete Universität Hamburg mit dem Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf.
Am 1. Januar 2006 wurde die HafenCity Universität Hamburg gegründet, die als Universität für Baukunst und Metropolenentwicklung europaweit einzigartig ist.
Insgesamt sind an den Hamburger Hochschulen etwa 70 000 Studenten eingeschrieben.